喷笔使用完毕后要马上进行清洗，先在涂料杯中加入少量溶剂（香蕉水、天拿水都可以），用手拿纸巾堵住喷针套后按动按钮并略向后拉，这时会看到有气泡出现在涂料杯里，这是因为喷针套堵住后气流的回流，稍后即可放开喷针套将溶剂喷光，并用纸巾将涂料杯内没有洗掉的涂料擦掉。如此多重复几次，直到喷出的溶剂没有任何颜色为止。当用过光泽剂和消光剂之类的无色涂料后，就只能凭经验多喷几次，以便将喷笔清洗干净。
再将喷笔尾套管旋下，松开紧针螺母，将喷针小心的抽出，用纸巾或棉签沾溶剂将它擦拭干净，再将喷针套和气嘴分别旋下，用纸巾或棉签沾溶剂将上面的残余涂料擦干净。
将喷针轻轻插回笔身内，在穿出涂料喷嘴时要小心些，稍稍用力将喷针穿出不再推得动就行了（不能用力去推喷针，以免将涂料喷嘴挤磨变大），再将紧针螺母旋紧，将喷笔尾套管旋上；将气嘴和喷针套分别装上，注意不要将露出的喷针尖弄弯。这样喷笔就可以收好等待下次使用了。
需要注意的是，有些朋友喜欢将喷笔整个浸泡在溶剂中，并不是所有的喷笔都可以这样，有的喷笔有橡胶部件，如果不小心接触了溶剂，就会损坏这些小的零件，导致喷笔无法使用，大量的使用溶剂对身体也是有危害的。
